Maaike Groot behaalde in 1998 een doctoraal Provinciaal-Romeinse Archeologie aan de Vrije Universiteit Amsterdam. In 2001-2002 verdiepte ze haar kennis op het gebied van dierlijk en menselijk botmateriaal tijdens een Master Osteoarchaeology (University of Southampton, UK). Sinds mei 1999 is Maaike in dienst als zoöarcheoloog bij ACVU-HBS.
In november 2003 is ze begonnen met een promotieonderzoek over het dierlijk bot uit een Romeinse nederzetting in Tiel-Passewaaij, waar ze in oktober 2007 Cum Laude aan de VU op is gepromoveerd. In 2009 startte Maaike met een post-doc onderzoek aan de VU, dat wordt gefinancierd door NWO. In dit project, Livestock for sale: the effect of a market economy on rural communities in the Roman frontier zone, onderzoekt ze de veranderingen die optraden in veeteelt in het Romeinse rivierengebied als gevolg van marktwerking.
Enkele projecten waar Maaike aan heeft meegewerkt zijn Nederweert-Rosveld, Leidse Rijn 46, Naaldwijk-Holland College , Geldermalsen-Hondsgemet, Medemblik-Schepenwijk en Kapel Avezaath-Muggenborch. Maaike heeft vooral belangstelling voor dierlijk bot uit opgravingen die dateren tot de Late IJzertijd, Romeinse tijd en Middeleeuwen. Bijzondere interesses zijn de produktie van dierlijke produkten in rurale nederzettingen voor de Romeinse markt, de gezondheid van huisdieren, en ritueel gebruik van dieren en dierlijke resten.
Maaike geeft het zoöarcheologische onderdeel van het vak Ecologische Archeologie aan de Vrije Universiteit en is lid van de ICAZ Paleopathology Working Group en bestuurslid van The Association for Environmental Archaeology .